בין אפריל 1881 למאי 1882 אירעו פרעות דמים ביהודי דרום רוסיה– פרעות הידועות בשם "סופות הנגב".
בעקבות הפרעות האלה,קבוצה של יהודים הגיעו לארץ ישראל במגמה לרכוש קרקעות ואליהן להביא יהודים מדרום רוסיה ולישבם בארץ ישראל.
ב1890 בתיווכו של יהושוע חנקין רכשה קבוצת היהודים הזו כ– 30,000 דונם מידי האפנדי סלים ח’ורי,כל האדמות האלה נמצאות בשטח המונציפאלי של העיר חדרה דהיום.
חנקין,שיכנע את קבוצת הרוכשים לרכוש את הקרקעות תוך אבטחה שידאג ליבוש הביצות שבקרקע שנרכשה,ביצות שתפסו את רובה של הקרקע הנרכשת.
עובר הבטחה הזו התארגנה קבוצה של יהודים מרוסיה ועלתה לארץ להתישב בביצות חדרה. חנקין,משקיבל את כספו,העביר את הקושנים בשטחי הקרקע מידיו לידי נציג המישבים בשם משה מרדכי אפשטיין ונעלם עם הכסף ועם האבטחה ליבש את הביצות.
הביצות הפילו חללים רבים בקרב המתישבים ואליעזר יפה,הרופא,המליץ להם להסתלק מהאזור בטרם יתושי האנופלס נושאי הקדחת יחסלו אותם עד לאחרון בהם.
בצר להם פנו מתישבי חדרה לעזרת תושבי הדלתא של הנילוס במצרים,שם צברו ניסיון ביבוש ביצות שנוצרו עקב שיטפונות החורף של הנילוס.
לא ידוע בדיוק כמה פועלי יבוש ביצות הגיעו מהנילוס לחדרה אבל משהגיעו החלו מיד בפעולות היבוש שכללו לישת הבוץ מהביצות,יבושו בשמש ובניית תעלות מים,מלבני הבוץ היבשות,תעלות מים שניקזו את מי הביצות לסביבה הנמוכה באזור הים וכך גרמו ליבושן – לא לפני שרבים מהפועלים המצריים נפלו חלל למחלת קדחת.
ביצה אחת,שאומנם נוקזה במהלך עבודתם של עובדי הניקוז ממצרים,נשארה נצר לביצות חדרה,ובכל חורף חוזרת הביצה להיקוות ומתיבשת,מאליה ובעזרת מערכת ניקוז ששופצה בעשור האחרון עם הרחבת כביש 4 באכה חדרה.
ביצת חדרה הוכרזה כנכס נופי של מדינת ישראל ואף על פי שהיא חלק מהמרחב השיפוטי של העיר חדרה הביצה מוחרגת מתוכניות המתאר של העיר חדרה ונכון ל 2019 אין כוונה להפוך את הביצה לפארק מוכרז אלא לשמרה במצבה הטבעי הנכחי,שימור הביצה וטיפול בה נמצא,על פי דין,נמצא תחת אחריותה של הרשות להגנת הטבע והביצה היא שמורת טבע מוכרזת.
